Если заняты все порты на ноутбуке или более одного, PIN-код не принимается (выдаётся сообщение о неправильном PIN, осталось 255 попыток и т.п.). При этом, если освободить все USB-порты, кроме одного с токеном, загрузка происходит успешно.
Intel в платформе Skylake не сделал полную совместимость с BIOS, и у всех устройств на этой платформе так или иначе наблюдаются проблемы с USB.
Нормальная работа загрузчика Secret Disk возможна только в режиме UEFI.
Порядок установки: включается режим UEFI, устанавливается ОС, затем ставится SDE и включается защита системного диска.
Если же система была установлена ранее в режиме BIOS, то при переключении в UEFI она не загрузится и сама по себе, без Secret Disk. Перенос уже инсталлированной системы с BIOS на UEFI делается вот по этой инструкции: https://social.technet.microsoft.com/wiki/contents/articles/14286.converting-windows-bios-installation-to-uefi.aspx