При подключении ключа eToken сертификат пользователя автоматически не импортируется в личное хранилище.
Некорректная работа службы CertPropSvc (Certificate Propagation/Распространение сертификата).
Неправильные настройки eToken PKI Client и SafeNet Authentication Client.
Наличие драйвера iBank 2 Key.
Проверить, включена ли служба CertPropSvc (Certificate Propagation/Распространение сертификата) в автоматическом режиме, т.к. она отвечает за автоматический импорт сертификата в личное хранилище при подключении ключа eToken.
Проверить, установлен ли флаг в eToken PKI Client или в SafeNet Authentication Client "Копировать сертификаты пользователя в локальное хранилище".
Если установлен драйвер iBank 2 Key, то он может блокировать автоматический импорт сертификата в личное хранилище. Его удаление решит эту проблему.